財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內林姓納稅義務人為甲醫院負責人，93年度綜合所得稅結算申報，列報甲醫院執行業務收入新臺幣（下同）2,000萬元，費用總額2,200萬元，全年所得額虧損200萬元。該局認定甲醫院其中給付予A公司之管理費用500萬元，因不符執行業務所得查核辦法第14條規定而予以剔除，核定該醫院收入總額2,000萬元，費用總額1,700萬元，全年所得額300萬元，併課林君當年度綜合所得稅。
林君不服，主張甲醫院給付A公司管理費用，倘認定該項交易不符規定而剔除，基於租稅公平合理原則，雙方應為相對調整，惟A公司已承認收入並經該局核定，該局不能於查核甲醫院時，再剔除管理費用，該局調整任何支出與收入，應對A公司與甲醫院一起調整，不能僅單面調整甲醫院費用部分為由，資為爭議。案經復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院判決林君敗訴。
高雄高等行政法院判決指出，甲醫院與A公司係不同之法律主體，且A公司收取甲醫院給付之收入，係依所得稅法之規定列報所得收入，此與甲醫院得否列報執行業務之直接必要費用而得扣除無涉，此二者之課稅主體不同，並無重複課稅之問題。又本件爭議係林君93年度綜合所得稅申報，其中管理費用500萬元得否列為減除執行業務之直接必要費用，所得稅法第14條第1項第2類已明定，僅限執行業務之直接必要費用，始得自執行業務所得中減除，是A公司列報取得之收入，與甲醫院就該筆管理費用得否列報為執行業務之直接必要費用無涉，該局自無須就A公司列報管理費為收入與甲醫院列報執行業務之直接必要費用為相同處理，該局剔除管理費部分，並無違誤，乃判決林君敗訴。
該局進一步說明，納稅義務人列報執行業務之費用雖經國稅局剔除，然基於課稅法源及主體不同，相對之收入者，仍須繳納該筆收入之相關稅捐。
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