為規範促進產業升級條例有關公司投資於研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減優惠事宜，行政院依據該條例第6條第4項規定，就適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序等相關事項訂定「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」。另為使公司瞭解適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件，財政部會同經濟部發布「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」。財政部表示，依據上開辦法及要點相關規定，稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時，如對公司申報之支出內容存有疑義，可洽各中央目的事業主管機關協助認定。 考量稽徵實務上，各地區國稅局於審理公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減案件時，徵納雙方對於認定結果仍有疑義，為提升徵納雙方對於類此審查案件認定之一致性，財政部於96年5月11日發布實施「財政部各地區國稅局處理研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減疑義案件作業要點」，依據該作業要點，各國稅局應設立處理小組，納稅義務人對於國稅局之查核事項存有疑義，可提出申請由處理小組處理，該小組得邀請行政院科技顧問組、經濟部工業局派員列席，提供專業諮詢意見，協助徵納雙方處理相關疑義。另於96年4月27日核定「財政部各地區國稅局辦理公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減稽徵業務聯繫會議作業規定」，由各地區國稅局輪流定期召開聯繫會議，以提升研發投抵之稽徵績效及服務品質；復為解決公司研究與發展及人才培訓支出之一般性爭議，另專案函請各地區國稅局於審查該類投資抵減案件時，公司如有適用爭議，經提出經濟部對該項爭議之處理意見者，稅捐稽徵機關得參酌經濟部之意見辦理。 嗣經財政部檢討上開規定之實施成效，考量公司從事研究與發展活動是否符合得適用投資抵減之認定，涉有專業性及客觀性，宜進一步建立諮詢相關產業學者專家意見之機制，爰修正「財政部各地區國稅局處理研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減疑義案件作業要點」規定，以強化稅捐稽徵機關審理公司適用相關案件之專業性及客觀性。 本次修正重點之一為擴大本要點之處理範圍至申報研究與發展及人才培訓投資抵減之支出達新臺幣5千萬元以上之案件，及申請復查之案件。財政部表示，本要點修正前之處理範圍為申報研究與發展及人才培訓投資抵減之支出達新臺幣1億元以上，且審查單位已調查但尚未核定之案件。惟檢討實施一年半以來之成效，並重新考量各地區國稅局審理投資抵減之件數，爰將處理範圍之門檻調降為新臺幣5千萬元以上，另將復查決定前之案件亦納入本要點之處理範圍，以有效處理爭議案件並疏減訟源。本要點修正實施後，公司如對於各地區國稅局審理其研究與發展及人才培訓支出申請適用投資抵減之認定意見存有疑義，於復查決定前，均可隨時向公司所在地之國稅局申請疑義處理。至5千萬元以下之案件，如確有重大爭議，各地區國稅局將依現行相關規定洽詢各中央目的事業主管機關協助認定。 本次另一修正重點為申請疑義處理之營利事業可要求審查案件之國稅局諮詢學者專家意見。財政部表示，為建立學者專家資料庫，財政部將依產業別分別函聘學者專家，俾提供各地區國稅局依其審查案件需要，按申請疑義處理案件之產業特性諮詢專業意見，以專業且客觀地解決徵納雙方對於研究與發展支出適用投資抵減之爭議問題，進而達到落實獎勵政策及疏減訟源之目標。 附件：財政部各地區國稅局處理研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減疑義案件作業要點修正規定
