本局表示，營業人經查獲而由海關依促進產業升級條例第9條之1第2項前段規定補徵之營業稅，不得提出申報扣抵銷項稅額。 本局說明，按促進產業升級條例第9條之1第1項及第2項前段規定，屬科學工業之公司，於91年1月1日起自國外輸入自用之機器、設備，在國內尚未製造，經經濟部專案認定者，免徵進口稅捐及營業稅。前項公司輸入之機器，設備於輸入後5年內，因轉讓或變更用途，致與減免之條件或用途不符者，應予補徵進口稅捐及營業稅。 營業人有上述進口機器、設備轉讓或變更用途時，應依規定主動向原進口地海關補徵稅捐，否則一旦經查獲後，除應予補徵營業稅及關稅外，所繳納營業稅取得之「海關代徵營業稅繳納稅證」也不得提出申報扣抵銷項稅額。 本局特別提醒，經查獲補徵所繳納之營業稅，不得提出申報扣抵銷項稅額，如已申報扣抵者，在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部之指定調查人員進行調查前，請速向所轄稽徵機關自動補報補繳所漏稅款，以免遭受處罰。
