財政部臺北市國稅局表示，以往年度營業之虧損，不得列入本年度申報扣除。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
該局說明，公司組織之營利事業申請適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前5年各期核定虧損者，應將各該年度依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行減除各該年度之核定虧損後，再以虧損之餘額自本年度純益額中扣除。舉例某公司組織之營利事業94年度免計入所得額之投資收益為100萬元，該年度經稽徵機關核定虧損為120萬元，其95年度純益額為200萬元，則依所得稅法第39條規定自其95年度純益額中扣除94年度核定虧損時，應將免計入所得額之投資收益100萬，自該年度核定虧損120萬元中抵減後，再以其虧損餘額20萬元，自本年度純益額200萬元扣除。
該局查核某公司95年度營利事業所得稅結算申報案，經查該公司申報之前5年核定虧損扣除額未先減除各年度之投資收益，遂予以調整減除，核定補徵稅額2,700餘萬元，加計利息59萬元。
該局提醒納稅義務人與受委任會計師於申報適用前5年虧損時，應注意虧損年度有無投資收益應先抵減虧損後以餘額適用虧損扣抵，以免遭稽徵機關調整補稅並加計利息，影響自身權益。
（聯絡人：審查一科游股長；電話23113711分機1284）
