財政部96年3月16日台財稅字第09604517910號令（如附件）規定，土地承租人於承租之土地上自費建屋，將建物所有權登記為出租人所有，並約定租賃期間由承租人無償使用該房屋，土地出租人應依建物之營建總成本，按租賃期間平均計算各年度租賃收入加計當年度收取之現金為其租賃收入總額，於減除必要損耗及費用後，核算各年度租賃所得。該釋令發布後，實務作業上，尚存有土地承租人代出租人支付之工程款應否辦理扣繳等疑義。 為利徵納雙方遵循，財政部日前函知各地區國稅局，有關承租人於承租之土地上自費建屋，約定以土地出租人為房屋起造人及所有權人，於上開釋令發布後，土地承租人屬所得稅法第89條規定之扣繳義務人者，其代付建造房屋之工程款，於給付時免依同法第88條規定扣繳所得稅，但應依該令規定計算各年度出租人租賃收入，依同法第89條第3項規定申報及填發免扣繳憑單；土地出租人如屬營利事業，並符合所得稅法施行細則第83條第2項依法就租賃收入開立統一發票之規定者，得免申報及填發免扣繳憑單。另前揭財政部96年令發布日後，土地承租人未依上開規定申報及填發免扣繳憑單者，稽徵機關將輔導限期補開，其依限補開者免予處罰。 另土地出租人如屬個人者，於計算租賃所得時，如未能提示必要損耗及費用確實證據者，准予按所得年度財產租賃必要損耗及費用標準有關出租建物固定資產之費用率（96年度為43%）減除必要損耗及費用。
