對於本（97年10月22日）日報載部分業者主張發生天災時，政府會針對農業損失給予補助，現在台灣消費市場遭到重大衝擊，政府應有配套補助政策等，財政部特別提出以下說明。首先，所謂稅捐的減免，係指減少或免除納稅義務人原來應該繳納的稅捐。而業者主張「配套補助措施」，係指各目的事業主管機關針對業者受到天災等損害，所提供的補助措施，二者性質並不相同，目前立法院審議中的「進口原料產品含三聚氰胺事件處理暨補償特別條例草案」，已有列入補助業者的相關規定。
據財政部表示，該部針對部分營業人因「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響，以致面臨廠商、消費者退貨或銷售額大幅下降等情事，除要求國稅局提供營業人必要稅務諮詢服務及相關協助外，財政部也充分瞭解部分相關業者提出減免營業稅等訴求，確實是因為業者面臨短期的經營困境，因此，該部要求各國稅局在現行法令規範範圍內，覈實認定營業人因受前開事件影響所提出稅捐減免申請案件。換言之，如果營業人確實有遭受損失或銷售額確實有下降，並提出申請者，國稅局會提供最大協助。
另外，財政部對於業者質疑「銷貨退回可自動減除稅額」、「未銷售則營業稅額自動會減少」等，認為業者可能有所誤解，該部進一步說明，該部要求國稅局協助營業人辦理「銷貨退回扣減銷項稅額」，可讓營業人原來應繳納的營業稅減少；又如營業人因為銷售額減少，當期的營業稅稅負也會自動減少，所以，營業人的應納稅額確實是減少，與業者要求減免稅捐結果相同。至於受影響的小規模營業人得向國稅局申請核減其查定銷售額及稅額，財政部也要求國稅局依據營業稅特種稅額查定辦法規定，覈實查定相關營業人的銷售額及應納稅額。因此，目前財政部所採取的措施，已可達成業者要求減免稅捐的效果。但是，財政部也說明，受前開事件影響的營業人，如有銷售未受該事件影響的其他商品時，仍應依法課徵營業稅，否則對於銷售相同商品的其他營業人，就產生租稅不公平現象。
財政部再次重申，營業人如受到「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響，遭到退貨或銷售額減少等情形時，可以依據下列方式辦理：
一、銷貨退回部分：依據現行加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第15條第2項、同法施行細則第38條、統一發票使用辦法第20條及財政部81年8月27日台財稅第810836121號函釋規定，營業人可以在發生銷貨退回之當期或次期，提出申報扣減銷項稅額，則該筆銷貨退回之稅額，就會自動從營業人當期之應納稅額中減除。至於營利事業所得稅方面，廠商亦可憑相關憑證核實列報其銷貨退回；嗣後退回之商品如予報廢，可依營利事業所得稅查核準則第101條之1規定，公開發行股票之公司可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失；非公開發行股票之公司可於事實發生後15日內檢具清單報請所在地稽徵機關派員勘查監毀或取具事業主管機關監毀之證明文件，核實認定其報廢損失。
二、銷售額減少部分：在小規模營業人部分，依據營業稅法施行細則第45條規定，小規模營業人之應納稅額由稽徵機關按季查定，另外依據營業稅特種稅額查定辦法第3條第1項規定，小規模營業人如有季節性及其他必須調整銷售額之情形時，稽徵機關得隨時重行查定其銷售額，因此，小規模營業人如果受到「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響，以致影響銷售額者，可以向營業人所在地國稅局申請調減當季之查定銷售稅及稅額。至於一般課徵加值型營業稅之營業人部分，因為營業人於銷售貨物或勞務時，應依據營業稅法第32條規定開立統一發票交付買受人，如果營業人因為受到上開事件之影響，以致銷售貨物或勞務減少，則未銷售部分，因無需開立統一發票，亦無需報繳營業稅，則營業人當期之應納稅額，就會自動減少，營業人之稅負，也會隨之減輕。同時，我國加值型營業稅係採稅額扣抵法，雖然營業人沒有將貨物銷售出去，但是相關進項稅額仍然可以提出申報扣抵，絕對不會影響到營業人實質租稅負擔。
財政部對於業者所提要求比照「天災」辦理減免稅捐及補助部分再次強調，納稅義務人如因天災、事變等遭受損失，可以就其受損害部分，依法申報減免稅捐。本案營業人因上開事件影響，可能遭受到銷貨退回損失，稽徵機關也會覈實認定其可減少的稅額。至於業者所提補助措施，與稅捐減免並不相同，該部特予澄清，避免造成外界誤解。
