公司為求分工績效，常會將產品之部分產製過程委託其他營利事業加工，不過，適用五年免稅優惠的廠商必須特別注意，因為委外加工比率的高低會直接影響免稅所得額的多寡外，尤其是委外加工比率超過30﹪者，將會全數喪失享受免稅待遇的資格。
南區國稅局表示，依照免稅所得計算要點的規定，適用五年免稅的公司在免稅產品的產製過程中，將某一生產階段委託其他營利事業加工者，其委託加工之成本占該產品之總製造成本之比例超過30﹪者，該項產品銷售所得全部不得享受免稅待遇，其在30﹪以下者，僅就自行製造部分所得，予以免稅待遇。
某家從事廢棄物清理業務之甲公司95年度所得稅結算申報案，列報適用五年免稅所得額1,100餘萬元，其中該公司自行申報的委外加工比率為27﹪，南區國稅局初步核對結果，甲公司95年度加工費項目申報數為540餘萬元，總製造成本為2,000餘萬元，委外加工比率確為27﹪（540萬÷2000萬），並未超過30﹪，故可享受五年免稅優惠，不過，該局在查核甲公司其他製造費用項目時，發現什費項下列報處理費80餘萬元，經進一步查對合約及憑證等資料，確認該項處理費是甲公司委託其他廠商代為處理廢棄物所支付費用，屬於加工費性質，該局重行核算甲公司95年度的委外加工比率為31﹪【（540萬+80萬）÷2000萬】已超過上述30﹪之門檻，甲公司因此被取消95年度的免稅優惠，必須補繳稅款280餘萬元。
該局呼籲，公司依規定計算免稅所得時，應注意委外加工成本是否超過投資計畫產品總製造成本之三成，以免影響適用五年免稅優惠。
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