政府為鼓勵公司從事研發，以提升產業競爭力，訂有公司投入之研發支出最少可按30%抵稅的優惠措施，這項措施確實發揮效果，吸引公司紛紛投入研發行列，不過，公司投入的是否確屬「研發」範圍，除攸關著公司得否抵稅的權益外，也常常造成公司與國稅局認定見解的重大歧異。
財政部為建立各國稅局在審核研發人培支出適用投抵之一致性與正確性，減少徵納雙方之爭議，因此在96年5月間訂定「各地區國稅局處理研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減疑義案件作業要點」，要求各國稅局成立處理小組，負責處理研發人培支出達1億元以上的爭議案件。
該項作業要點實施年餘以來，或有反應適用門檻過高，大部分研發投抵案件均無法適用，使政府美意未能落實，經過一再檢討後，財政部終於在上（10）月初完成修訂該作業要點，期望這項作業能更加周延，且更能傾聽人民的聲音。
本次修訂內容主要有三：（1）處理門檻由原定1億元降低至5千萬元，（2）復查階段案件亦得納入處理，（3）增加外部專家機制。
其中，增加外部專家機制是最大的改變，有了這項機制，此後具有重大爭議的研發投抵案件，由各國稅局處理小組處理者，不再侷限由稅務人員判斷研發爭議內容，必要時可諮詢具專業背景之學者專家意見，將可使最後決議更具公正性及客觀性。
南區國稅局特別提出呼籲，租稅優惠措施係政府為促進產業升級，提升國際競爭力所訂之獎勵，公司申報適用時，應注意是否符合法令規範，如具重大爭議欲申請處理小組處理者，也要特別注意上述作業要點之規定，以維護自身的權益。
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