財政部表示：公司依法進行合併時，如以「現金」為對價進行合併者，依財政部93年9月21日台財稅字第09304538300號函（以下簡稱93年函）規定，消滅公司股東獲配現金超過全體股東出資額部分之金額，應視為股東之股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅；如以「股份」為對價者，依財政部97年10月17日台財稅字第09704552910號令（以下簡稱97年10月令）規定，其合併基準日在98年1月1日以後者，消滅公司股東獲配自消滅公司所取得合併對價超過全體股東出資額部分，應視為股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。另依財政部97年2月20日台財稅字第09704510660號令（以下簡稱97年2月令）及97年10月令規定，消滅公司個人股東可主張依個別辨認法提示經收回註銷股份之取得成本證明文件，以所獲配現金或股份價值（時價或實際成交價格）超過該股份取得成本部分之金額為該個人股東之股利所得。
財政部指出，消滅公司股東屬總機構在中華民國境外之營利事業(以下簡稱國外營利事業股東)獲配現金或股份時，其按前述函令計算之股利所得，依所得稅法第24條第3項規定，係採就源扣繳方式課稅。惟該等國外營利事業股東取得股份之成本高於依93年函規定計算之出資額時，可否比照97年2月令及97年10月令有關個人股東得主張並證明股份取得成本高於出資額，以重行計算其股利所得之規定，尚無規範，為利企業遵行，財政部將發布相關釋令予以規範。
財政部說明，國外營利事業股東在我國境內有固定營業場所或營業代理人者，與國內營利事業相同，若其投資成本高於依93年函或97年10月令規定計算之出資額時，可依營利事業所得稅查核準則第99條規定，於結算申報時核實認定其投資損失。至於在我國境內無固定營業場所及營業代理人之國外營利事業股東，無須於我國辦理結算申報，致未能認列投資損失，其獲配現金或股份時，如其主張經收回註銷股份之實際取得成本高於依93年函或97年10月令規定計算之出資額時，應可比照個人股東得主張重行計算股利所得之規定，方符合租稅公平及實質課稅原則。
財政部進一步表示，考量法人組織型態及投資特性與個人不同，不宜完全比照個人股東證明其股份取得成本之方式，爰規定在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之國外營利事業股東，如主張其經收回註銷股份之取得成本高於依93年函或97年10月令計算之出資額者，可委託中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，向稽徵機關申請依先進先出法核實認定該註銷股份之取得成本，其經提示該股份取得成本之相關證明文件，由稽徵機關查核屬實者，得以所獲配現金或股份價值（時價或實際成交價格）超過該股份取得成本部分之金額為股利所得，並申請退還溢繳之扣繳稅款。
