我國自95年1月1日起實施最低稅負新制後，營利事業在辦理各年度所得稅結算申報時，必須一併填報所得基本稅額申報表，營利事業的基本所得額是指依「所得稅法規定計算之課稅所得額」加計該條例第7條第1項各款所得額後之合計數。
上述所稱「依所得稅法規定計算之課稅所得額」係指依所得稅法第24條或第41條規定計算之所得額，減除依所得稅法或其他法律規定停（免）徵或免納營利事業所得稅之所得額及所得稅法第39條規定以往年度營業虧損後之金額。至於減除順序則是屬於所得稅法及國際金融業務條例規定之停（免）徵或免稅所得額應先行減除外，其次屬其他法律規定之免稅所得額及以往年度營業虧損部分之減除順序及金額，可由營利事業自行擇定。
正因為計算課稅所得額時，減除以往年度營業虧損之順序及金額是由營利事業自行擇定，導致營利事業常誤以為金額不受限，其實只
有在計算至尚未減除以往年度虧損前之所得額有盈餘時，才可主張再減除以往年度營業虧損使課稅所得額為零。
南區國稅局日前查核甲公司95年度所得稅結算申報案，甲公司列報全年所得額1,560萬餘元，減除停徵所得稅之證券交易所得1,550萬餘元及前5年核定虧損扣除額150萬餘元後之課稅所得額為-140萬餘元，同時，甲公司列報95年度基本所得額時，是以課稅所得額-140萬餘元加計證券交易所得1,550萬餘元後為1,410萬餘元，甲公司並繳納所得基本稅額121萬餘元。
該局審查後發現甲公司申報之課稅所得額，係將以前年度之虧損150萬餘全數扣除，使課稅所得額成為負數，事實上甲公司可以申報減除之前5年虧損扣除額只有10萬餘元（1,560萬餘元-1,550萬餘元），該局最後核定甲公司95年度課稅所得額為0元，加回證券交易所得1,550萬餘元後之基本所得額1,550萬餘元，應納所得基本稅額為135萬餘元，甲公司需補繳稅款14萬餘元。
國稅局籲請營利事業辦理結算申報時，應特別注意依規定申報虧損扣除，以正確計算所得基本稅額。
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