稅捐稽徵法第28條修正案經立法院三讀通過後，總統已於98年1月21日公布，此次修正內容增列納稅義務人因稅捐機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，其退還之稅款不以5年內溢繳者為限，且修正施行前案件亦可追溯適用。該處正全面清查有79件，金額2百35萬元，並將主動辦理退稅；截至目前止，已完成退稅案件計24件，金額約40萬元，其餘尚待退稅案件，亦會儘快查明主動退還。
臺北市稅捐處表示，此類可歸責於政府機關錯誤的溢繳案件，財政部前於93年9月24日及95年12月6日行文各稅捐機關並解釋在行政程序法90年1月1日施行前，非屬稅捐稽徵法第28條規定範圍之退稅請求權，其請求權之消滅時效期間，應類推適用稅捐稽徵法第28條之規定；行政程序法施行後，前述退稅請求權之消滅時效期間，應適用該法第131條規定；換言之，行政程序法施行前後之退稅請求權消滅時效期間均為5年。是以稅捐處自93年9月24日起退稅都以5年為限，也因此迭遭民眾抱怨。此次財政部從善如流，增訂不可歸責於納稅人而溢課之稅款，不受5年期間之限制，實可謂大快人心。
