南區國稅局表示，為促進經濟發展提高企業競爭力，所得稅法第39條有盈虧互抵之規定，適用盈虧互抵必須是公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報始能適用，如經稽徵機關查獲有短漏報所得額情節重大者，就會被取消該項權益。
該局表示，甲公司92年度因向關係企業購買經營權及所有權，申報鉅額無形資產-商譽，並自當年度起分15年逐年攤提費用，92年度及93年度營利事業所得稅結算申報鉅額虧損，94年度原申報全年所得額3,041餘萬元，經適用盈虧互抵後已無課稅所得額。不過，該局深入追查發現，甲公司虛報上述無形資產之價值，經重核結果，92年度雖仍有鉅額虧損2,272餘萬元，但短漏報所得額183餘萬元，93年度則短漏報所得額402餘萬元，因短漏報所得額比例均超過各該年度所得額5﹪，情節重大，無法適用所得稅法第39條盈虧互抵之規定，應予補稅及處罰。至於94年度部分，經該公司自動更正補繳營利事業所得稅917餘萬元及加計利息20餘萬元，才得以免除罰責。甲公司如未短漏報所得額，將可適用盈虧互抵，少繳稅款568萬元及免除罰鍰116萬元，可謂得不償失。
該局指出，盈虧互抵之規定，原為獎勵善良納稅人，對誠實申報而發生虧損者，藉由盈虧互抵減免稅捐而提高其企業競爭力，政府為協助企業度過金融海嘯難關，並已修法將盈虧互抵5年規定延長至10年，為此，該局特別提醒營利事業辦理結算申報時，除注意相關租稅減免規定，更應誠實申報，才能享受政府的各項優惠措施。
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