財政部臺北市國稅局表示，夫妻於年度中協議離婚者，如未向戶政機關辦理離婚登記，其離婚未生效力，仍應合併申報當年度綜合所得稅，如未依法合併申報，除補徵稅額外，並依所得稅法第110條第1項規定，按所漏稅額處2倍以下之罰鍰。
該局說明，依所得稅法第15條第1項規定，納稅義務人之配偶，及合於第17條規定得申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬，有前條各類所得者，應由納稅義務人合併報繳。另按財政部74年8月14日台財稅第20553號函釋規定，修正民法親屬篇第1050條規定「兩願離婚，應以書面為之，有2人以上證人之簽名並應向戶政機關為離婚登記。」依此規定向戶政機關辦理離婚登記，為兩願離婚生效要件之一，離婚生效日期自登記日起算，故有關兩願離婚之認定，應以向戶政機關辦理離婚登記為準，至於裁判離婚者，應以判決確定時為離婚效力之發生時期。所以夫妻如於年度中協議離婚，而未及時辦理離婚登記者，因其離婚未生效力，當年度綜合所得稅仍應合併申報，若分開申報將會受到處罰。
該局指出，夫妻如確有合併申報之困難或分居，而分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理綜合所得稅結算申報，應於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明已分居，稽徵機關嗣後雖仍將夫妻所得歸戶合併計算全部應納稅額，但可依財政部76年3月4日台財稅第7519463號函釋規定，申請按個人所得總額占夫妻所得總額比率計算，減除其已扣繳及自繳稅款後，分別發單補稅。
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