公司為鼓勵員工參與公司經營，分享營運成果，以提供公司股票的方式吸引員工留住優秀人才，現行大致分為員工分紅配股及發行員工認股權證兩種方式，而員工依這兩種方式取得股票後之課稅方式有何差別？南區國稅局臺南市分局說明如下：
一、員工分紅配股
(一)面額部分係屬員工之薪資所得，應併計取得年度之個人綜合所得總額課徵綜合所得稅。
(二)配發股票可處分日次日之時價超過面額部分，應計入個人基本所得額，如基本所得額超過600萬元則應申報所得基本稅額。
(三)實際出售股票時產生之利得或損失，如為上市上櫃或興櫃股票，則屬證券交易所得，依現行所得稅法規定，證券交易所得停徵綜合所得稅。如為未上市上櫃或非興櫃股票，其交易利得應依所得基本稅額條例規定計入基本所得額，其交易損失可於當年度或之後3年度之交易利得中扣除。
二、員工認股權
(一)執行權利日股票時價超過認股價格之差額部分屬員工之其他所得，應併入員工執行認股權年度之綜合所得總額，課徵綜合所得稅。
(二)實際出售股票時產生之利得或損失，如為上市上櫃或興櫃股票，則屬證券交易所得，依現行所得稅法規定，證券交易所得停徵綜合所得稅。如為未上市上櫃或非興櫃股票，其交易利得應依所得基本稅額條例規定計入基本所得額，其交易損失可於當年度或之後3年度之交易利得中扣除。
南區國稅局臺南市分局進一步指出，最近發現多起納稅人誤以為員工認股權無所得而漏報其他所得之案例，除依法補稅外尚需處以罰鍰，該分局提醒，員工認股權時價超過認股價格部分係屬個人提供勞務的補償性報酬，應計入綜合所得總額課稅，請納稅人留意以免因漏報受罰。
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