98年1月21日稅捐稽徵法第28條修正生效後，臺北市稅捐稽徵處辦理退稅均先釐清該溢繳稅款係屬該條第1項或第2項之錯誤，如屬第1項納稅人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳稅款者，依規定納稅人得於繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還，屆期未申請者，不得再行申請；如屬第2項可歸責於政府機關錯誤致溢繳稅款者，只要有直接或間接證據足以證明，均不受5年退稅之限制，稅捐處均會退還納稅人溢繳之稅款並依規定加計利息一併退還。
臺北市稅捐稽徵處表示，如經查明係屬可歸責於政府機關錯誤致溢繳稅款案件，該處依下列原則辦理退稅：
一、雙方均有證據可以認定有溢繳稅款者。
二、稅捐處無證據，而納稅義務人有證據，且經查證認定有溢繳稅款者。
三、納稅義務人無證據，而稅捐處有證據，認定有溢繳稅款者。
四、依經驗法則及稽徵作業之一貫性，足以推定有溢繳稅款者。
該處進一步說明，雖依稅捐稽徵法第28條第2項規定可歸責於政府機關錯誤致溢繳稅款者，不以5年為限，惟辦理退稅仍須有直接或間接證據足以證明或推定確有溢繳稅款，不可毫無根據即予退稅。例如，使用中之一般土地如經劃定為公共設施保留地，依規定應按千分之六優惠稅率課徵地價稅，如原係按一般土地稅率核課，事後經有關機關證明該地確已編定為公共設施保留地，自可依規定追溯辦理退稅。
