財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內納稅義務人甲君係A診所之合夥人，94年度綜合所得稅結算申報，列報該診所收入總額新臺幣（下同）1億餘元，費用總額8千餘萬元，全年所得額2千餘萬元，純益率達20﹪。該局原按「94年度執行業務所得及私人辦理補習班等其他所得書面審核作業要點」（以下簡稱書面審核作業要點）從其申報數核定，嗣依該要點規定進行抽查，因該診所負責人未能提示該診所帳簿文據供核，乃重行按財政部頒定94年度執行業務者費用標準，核定費用總額7千2百餘萬元，全年所得額2千8百餘萬元，併課其當年度綜合所得稅。
甲君不服，主張該診所94年度依該局書面審核作業要點第3點規定之純益率標準申報所得額，依所得稅法第80條第3項規定，納稅義務人申報之所得額如在各該業所得額標準以上，稽徵機關只能以原申報資料作為書面審查所得額的基準，不可擅自以行政命令訂定查核程序，並調閱帳簿、文據與相關資料，該局依書面審核作業要點第7點規定抽查該診所帳簿，不僅不符合所得稅法規定，亦與憲法第19條租稅法律主義相牴觸，且違背司法院大法官會議釋字第640號解釋意旨為由，資為爭議。案經復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院判決甲君敗訴。
高雄高等行政法院判決指出，執行業務者應設置帳簿，詳細記載其業務收支項目，若其未能提供證明所得額之帳簿文據，稽徵機關自得照同業一般收費及費用標準核定其所得額。書面審核作業要點乃稽徵機關為簡化稽徵作業，推行便民服務，鼓勵執行業務者等誠實記帳、申報所訂定，以達到便利徵繳作業之目的，非謂只要申報之純益率達到書面審核作業要點之標準，即可不問該執行業務者有無設置帳簿憑證，甚或可免受查帳，蓋若如此，反而失去鼓勵誠實申報之目的並違反租稅公平。又該局訂定之書面審核作業要點係有關各業別之書面審核純益率標準(包括營業內淨利及營業外淨利)，核與所得稅法第80條第3項規定之所得額為營業內淨利概念並非一致。另該局訂定之書面審核作業要點係採取純益率標準，核與司法院釋字第640號解釋所指之所得額標準之規定不同，不在該號解釋範圍內，乃判決甲君敗訴。
該局進一步說明，執行業務者自行申報或調整之純益率雖已達書面審核標準，稽徵機關仍得依書面審核作業要點規定抽查審核帳簿憑證，若拒不提示，即得按財政部頒定之費用標準，重行核定執行業務所得。
新聞稿聯絡人：法務二科吳科長
聯絡電話：06-2221045
彙總編號：98051801
