近年來社會團體為彌補政府公共財貨提供不足，減輕政府負擔及提昇國民生活之幸福，紛紛成立許多具公益性質的文教基金會、社會福利團體等非營利性組織，政府基於鼓勵立場，對此類具公益性質之機關團體均提供各項租稅減免優惠措施。
南區國稅局表示，公益機關或團體之所得若欲免納所得稅，必須符合行政院頒訂「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下簡稱免稅標準）之規定，該局彙整近期查核中所發現違反免稅標準，而不適用所得免稅之情形如下：
一、將基金及收入投資於非上市、上櫃公司股票，或非經主管機關核准之項目，違反免稅標準第2條第1項第5款基金運用限制之規定。
二、當年度「用於創設目的有關活動之支出」未達「基金之每年孳息及其他各項收入」之70﹪，且未將結餘款向主管機關提出使用計畫，違反免稅標準第2條第1項第8款經費支出限制之規定。
三、結餘款雖已依規定向主管機關提出使用計畫報經財政部核准，但其結餘款未依報經核准之計畫使用。
四、用於創設目的有關活動之支出雖已達免稅比率，惟誤將銷售貨物或勞務之應稅所得列為免稅所得，違反免稅標準第3條規定。
南區國稅局最近就發現轄內甲基金會94年度之結餘款5百餘萬元，原已擬訂使用計畫留供95年度使用，並送主管機關審核亦經財政部同意免受70%之限制，惟該局查核其95年度申報案件時，發現該筆結餘款尚有30多萬未使用完畢，也沒有擬訂變更計畫報主管機關核准，依財政部規定，公益團體未依報准之計畫使用者應就全部結餘款依法核課所得發生年度之所得課稅，非僅就剩餘的部分課稅，因此對該基金會94年度結餘款5百餘萬元予以補稅1百餘萬元。
該局提醒各公益機關團體之負責人或會計人員，若不熟稔稅捐法令規定，可逕向當地稽徵機關洽詢，莫使政府提供租稅減免之美意大打折扣並損及自身權益。
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