財政部臺灣省南區國稅局表示，營業人自國外進口貨物並經海關代徵營業稅，嗣經國外供應商給予進貨折讓，未按更正進口報單程序處理，致上開貨物進口時由海關代徵之營業稅額大於其銷項稅額者，其溢付稅額可依加值型及非加值型營業稅法第39條第2項但書規定申請核實退還。
國稅局說明，電子零件代理商因行業特性，常有以較高價格報關進口貨物由海關代徵營業稅，並依國外供應商所核定之較低價格銷售後，供應商再給予「進貨折讓」以抵減應付帳款，致使進口報單之完稅價格（原進貨價格）與其實際支付之進貨價格並不相符，且原進貨價格大於銷售價格情形。而代理商取得此進貨折讓部分，如經核准按更正進口報單程序處理者，海關可退還其溢繳之營業稅，尚不致產生溢付稅額；如未按更正進口報單程序處理者，海關並不退還原代徵之營業稅款，將造成代理商每筆進口貨物由海關代徵之營業稅額皆大於其銷項稅額之不合理現象，且易造成溢付稅額因留抵而產生積壓資金之情形。
該局進一步指出，鑒於營業人此類交易所產生之溢付稅額，與在正常情形下所產生之溢付稅額尚有不同，因此營業人可依加值型及非加值型營業稅法第39條第2項但書規定申請退還，以維護自身權益。
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