農業科技園區內之園區事業及海關管理之物流中心接受國外客戶訂購保稅貨物，並依其指示將該保稅貨物運交指定之國內課稅區買受人，且取得外匯收入者，其營業稅可適用零稅率。
財政部表示，依該部91年6月6日台財稅字第0910453451號令及96年12月20日台財稅字第09604547870號函規定，科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、自由貿易港區內之自由港區事業及海關管理之保稅工廠、保稅倉庫接受國外客戶訂購保稅貨物，並依其指示將該保稅貨物運交指定之國內課稅區買受人，且取得外匯收入者，其營業稅可適用零稅率。由於上開解釋函令僅及於科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、自由貿易港區內之自由港區事業及海關管理之保稅工廠保稅倉庫，至農業科技園區內之園區事業及海關管理之物流中心並不適用，為訂定保稅區營業人一致性之課稅原則，該部爰參酌行政院賦稅改革委員會研究報告建議，發布解釋令，對於依農業科技園區設置管理條例核准設立之農業科技園區事業及依關稅法核准設立之物流中心經營與上述相同之交易，如取得外匯收入者，其營業稅亦可適用零稅率。
該部進一步說明，為界定保稅區營業人及課稅區營業人之範圍，俾劃一租稅優惠措施，該部擬具之「加值型及非加值型營業稅法」部分條文修正草案，業已增訂保稅區營業人係指政府核定之加工出口區內之區內事業、科學工業園區內之園區事業、農業科技園區內之園區事業、自由貿易港區內之自由港區事業及海關管理之保稅工廠、保稅倉庫、物流中心或其他經目的事業主管機關核准設立且由海關監管之專區事業；至課稅區營業人則係指保稅區營業人以外之營業人，以資明確。
