南區國稅局表示，按照稅捐稽徵法規定，納稅義務人若有逃漏稅款，在稽徵機關或財政部人員調查以前，或者被檢舉以前，自動向稽徵機關補報補繳漏稅款，可以免罰。但如果經檢察官查獲以後，才向稽徵機關補報補繳漏稅款，仍應受罰。
甲公司因刑事案件，經臺南地檢署檢察官於93年3月11日傳訊偵辦，發現甲公司另有漏開發票，乃通報國稅局查核，國稅局查核結果，按漏稅額裁處3倍罰鍰。甲公司不服，以該公司在國稅局93年6月8日發函調查前，已於93年3月24日補報補繳營業稅，符合自動補報補繳免罰規定為由，提起行政救濟，但遭行政法院判決敗訴。
行政法院判決理由指出，臺南地檢署為有權調查處理逃漏稅之機關，不論本件以何種方式查獲，應屬稅捐稽徵法第48條之1第1項所指「經檢舉」之案件，甲公司是在93年3月11日經檢察官傳訊，則本件調查基準日應為93年3月11日，而非國稅發函調查日93年6月8日，甲公司於93年3月24日補報補繳漏稅款，自不能免罰，因此判決甲公司敗訴。
該局呼籲營業人，如發現漏開發票，要儘快向稽徵機關自動補報補繳，否則一但經有權調查處理逃漏稅之機關進行調查，就不能適用稅捐稽徵法自動補報補繳免罰的規定。
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