財政部臺灣省南區國稅局表示，公司辦理營利事業所得稅結算申報時，不得將非屬專業研究人員之薪資，列報於適用投資抵減應納稅額之研究與發展支出。
該局說明，依「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」規定：公司專門從事研究發展工作之全職人員，係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內。但研究發展單位之其他行政人員、助理、市場調查、統計及管制人員及其主管，則非屬專門從事研究發展工作全職人員之範疇。因此公司若未設置獨立之研究發展部門，而由現有人員兼辦研究發展工作者，或雖已設置單獨研究發展部門，而非屬於專門從事研究發展工作人員，渠等薪資支出均不可列報適用投資抵減。
舉例來說，某經營電子零組件製造公司96年度營利事業所得稅結算申報，研究發展支出申報 900萬元,可抵減稅額270萬元，其中研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員薪資申報800萬元，經查核後發現列報之研發人員包含有事務人員、助理員及其主管計300萬元，核非屬專門從事研究發展工作全職人員之範疇，經剔除300萬元後，核定研發支出600萬元,當年度可抵減稅額為180萬元。
國稅局特別呼籲，公司列報研究與發展支出適用投資抵減時，除應注意上述規定外，並應於辦理結算申報時檢附公司組織系統圖、研究單位配置平面圖、研究人員名冊（應註明姓名、部門別、學經歷、職稱、職掌、擔任工作細項、在職期間、全年薪資總額）、年度研究計畫及報告或研究計畫及紀錄等相關資料，供稽徵機關查核。
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