本局表示：公司組織之營利事業投資國內其他營利事業，於94年度或以後年度獲配之股票股利，應依一般公認會計原則註記股數增加，並按收到股票股利後之總股數，重新計算每股成本或每股帳面價值，嗣該類股票出售，於計算所得稅法第4條之1規定之證券交易損益時，依財政部於98年5月27日台財稅字第09800041000號釋令，其成本應依前開每股成本或每股帳面價值認定；營利事業依所得基本稅額條例第7條第1項第1款及第2項規定計算證券交易所得或損失時，亦同。
本局說明，公司投資於國內其他營利事業，其自87年度起獲配之股票股利不計入所得額課稅。另依95年5月30日修正前之所得稅法第66條之9規定，於計算應加徵10％營利事業所得稅之未分配盈餘時，該投資收益面額及出售該股票依所得稅法第4條之1規定停止課徵所得稅之證券交易所得均為加計項目，故為避免發生重複計入未分配盈餘課稅之情形，於計算該股票出售之證券交易所得時，應將已計入取得年度未分配盈餘課稅之面額，列入證券之成本，予以減除。
惟所得稅法第66條之9規定於95年5月30日修正後，自94年度起，應加徵10％營利事業所得稅之未分配盈餘，改依商業會計法計算之稅後純益為基準。依一般公認會計原則，營利事業獲配股票股利僅註記股數增加，並按收到股票股利後之總股數，重新計算每股成本或每股帳面價值，不列為投資收入，故未影響當期損益；修法後計算94年度（含）以後應加徵10％營利事業所得稅之未分配盈餘時，該類股票股利亦未計入未分配盈餘課稅。由於，該類股票股利之面額既未計入營利事業所得額及未分配盈餘，故日後股票出售於依所得稅法第4條之1規定計算證券交易損益時，該面額自不得依所得稅法第66條之9修正前之做法，列為成本並自證券交易損益項下減除，其成本應依前開一般公認會計原則計算之每股成本或每股帳面價值認定。又依所得基本稅額條例第7條第1項第1款規定所稱之所得額，其為證券交易所得者，為依所得稅法第4條之1規定計算之所得額，故應依上開規定辦理。該條例第7條第2項涉證券交易損失者，其計算亦同。
