配合促進產業升級條例將於98年底屆滿落日之所得稅法部分條文修正案，業於98年5月27日經 總統令公布施行，明定自99年度起，營利事業所得稅稅率由25%調降為20%。財政部表示，納稅義務人會計年度如採曆年制，自99年1月1日起適用20%之營利事業所得稅稅率，尚無疑義；惟如非採曆年制會計年度之營利事業，其98會計年度期間將有跨越98年及99年(以七月制為例，其年度期間自98年7月1日至99年6月30日止)情形，是否仍有該部74年5月15日台財稅第16007號函釋「採非曆年制會計年度之營利事業，應就其全年課稅所得額依其跨越兩年所占之時間比例，計算各該期間之所得額後，分別適用各該年度所得稅稅率」規定之適用，業界尚有疑義，該部乃發布釋令明確規範，俾利徵納雙方遵循。
財政部說明，前揭函釋係因80年12月30日修正前所得稅法第5條有關營利事業所得稅起徵額及稅率，均由該部於每年度開始前，經立法程序制定公布該年度之所得稅稅率條例，且明定施行期間自各該年度1月1日起至12月31日止。故採非曆年制會計年度之營利事業，其屬次年1月1日以後之所得，自應適用次年度所得稅稅率，爰有74年函釋規定。
惟自80年12月30日所得稅法修正後，營利事業所得稅起徵額及稅率係於該法第5條第5項明定，且依據98年5月27日總統令修正公布所得稅法第126條第1項規定，98年5月1日修正之第5條第2項及第5項規定，自99年度施行。鑑於所得稅法所稱「年度」，指同法第23條及同法施行細則第27條所規定之會計年度，財政部遂發布令釋予以明確規範，同時廢止該部74年5月15日台財稅第16007號函。故採非曆年制會計年度之營利事業，應自其99會計年度起適用20%稅率計算應納稅額。以七月制之營利事業為例，其99年度指會計期間自99年7月1日起所屬之年度。
