花蓮縣地方稅務局表示，為落實記存土地增值稅之土地列管，並有效遏止逃漏、增裕庫收，俾避免納稅義務人於記存後即將土地移轉，或改作其它用途，以規避土地增值稅。特訂於98年8月15起至9月15日止針對企業公司或金融機構經由轉換、或併購方式，記存土地增值稅之土地實施清查作業。
稅務局指出，自企業併購法、金融機構合併法、金融控股公司法、促進產業升級條例……等相關法令公布實施以來，再加上91年2月1日起土地增值稅減半徵收三年，企業或金融機構進行合併或分割、收購，土地移轉所應納之土地增值稅不僅可適用減半徵收，更准予記存不用繳納，在此雙重優惠條件下，申請記存案件明顯增加；本縣記存之土地增值稅截至98年7月累計即高達8千5百餘萬元。
因此，稅務局為了解有無將記存土地再移轉、改變使用，依規定辦理年度例行清查，如有違法情事即追繳原記存的稅款。依現行法令規定，本次清查重點如下：
（一） 併購後事業若再移轉，其記存之土地增值稅應一併追繳。
（二） 金融機構合併法第17、18條及金融控股公司法第28條，原供消滅機構、金融機構「直接使用之土地」有無變更。
（三） 被收購公司於收購土地完成移轉登記日起3年內，轉讓該對價取得之股份致持有股份低於原收購取得對價之65％時，被收購公司應補繳記存之土地增值稅，該補繳稅款未繳清者，應由收購公司負責代繳。
（四） 財政部94年10月11日台財稅字第09404570380號函釋「…公司收購之財產如為土地者，應以土地全部交易價格為準，不得自土地價格中扣除土地增值稅準備、土地重估增值之資本公積或其他抵押債務等。」與97年1月8日台財稅字第09600365280號函釋，以土地全部交易價格扣除得准予記存之土地增值稅作為「對價」之計算基礎。及同年6月19日台財稅字第09704052090號函釋，「企業併購法第34條第1項所稱『以有表決權之股份作為支付被併購公司之對價』，於核計該股份之價值時，應計入無法發行股份之土地重估增值。」
