強颱莫拉克帶來狂風暴雨，造成多處地區發生嚴重災害，為減輕災民重建後負擔，放寬使用牌照稅退稅條件，只要因水災報停、報廢的車輛，在99年1月31日向監理機關完成報停、報廢手續，稽徵機關將主動退還車主溢繳使用牌照稅，無須另外申請退還溢繳稅款。
花蓮縣地方稅務局表示：原本依現行相關規定，汽車及151cc以上機車如因水災受損，須進廠維修，必須在天災發生日起1個月內，檢附里長出具的災害證明以及修車廠開立的發票，水災當天至車輛修復期間的使用牌照稅始可以免繳納；當年度的使用牌照稅如果已繳納，維修期間的使用牌照稅還可以退還。另外，車輛如泡水後無法使用要廢棄，車主應持身分證明文件、行車執照、車籍證件、車牌、印章到監理機關填寫異動登記書辦理車輛報廢登記，經審核符合規定，始可享有使用牌照稅計算到報廢登記的前1日減免優惠。
因莫拉克颱風災情嚴重，考量災民在規定期限內無瑕辦理報停、報廢退稅申請，只要因此次風災受損無法使用，且於99年1月31日向監理機關完成報停、報廢手續車輛，該局將主動依監理機關提供的資料，辦理使用牌照稅退稅作業。
