依98年8月28日公布施行之「莫拉克颱風災後重建特別條例」第17條規定，災區內之土地及建築物，符合一定條件者，得減免房屋稅及地價稅，並授權由財政部訂定辦法。為使受災土地及建築物儘早適用減免，財政部於98年9月4日發布「莫拉克颱風災區內土地及建築物減免地價稅及房屋稅辦法」。
財政部賦稅署說明，莫拉克颱風重創臺灣，造成人民生命與財產損失，為加速展開各項重建工作，行政院函送立法院審議之「莫拉克颱風災後重建特別條例」草案，業於98年8月28日經 總統公布施行，該條例第17條第2項及第3項規定：「災區內之土地及建築物，符合一定條件者，得減免房屋稅及地價稅。前項之一定條件及其他相關事項之辦法，由財政部定之。」為儘早執行該條文規定，該署旋邀集內政部及相關縣市地方稅稽徵機關開會研商陳報財政部訂定上開辦法，其重點如下：
一、因颱風災害需經清理、整修始能回復原來使用之建築物，於清理、整修完成前，免徵房屋稅。
二、因颱風災害毀損經地方政府認定不堪使用之建築物及其坐落基地，於重建完成前，免徵房屋稅及地價稅。
三、災區內之土地及建築物經地方政府認定因聯外道路中斷，致無法為正常之使用者，其無法使用期間，免徵地價稅及房屋稅。
四、無償供給受災戶使用之房屋及其坐落基地，在使用期間免徵房屋稅及地價稅。
財政部賦稅署表示，莫拉克颱風災區內之建築物及土地符合上開辦法規定情形者，稽徵機關將依受通報資料主動辦理減免，以資便民。
