自98年4月13日起營利事業統一發證制度廢除後，營業人申請設立登記時，公司及獨資、合夥組織者營業登記，由主管稽徵機關依公司或商業登記主管機關提供之登記基本資料辦理，並視為已依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第28條規定申請辦理營業登記，縮短營業登記之作業時程。
高雄縣分局表示，為避免營業人因不熟悉新制度運作，影響申辦案件進度，並俾利民眾於單一窗口進行營業場所都計及建管查詢、完成商業及營業登記，將於廢證前「聯合作業中心」之場地，另行成立「聯合查詢及服務櫃檯」，提供受理公司及商業營業登記申請案之收件服務；且為方便民眾了解廢證後相關申請營業（稅籍）登記應繳交之文件，財政部賦稅署已將各類組織申請營業登記應附書件自行檢核表，置於該署網頁提供營業人運用，歡迎民眾至賦稅署網站/公告訊息/熱門議題/廢止營利事業統一發證制度項下查詢及下載。
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