財政部表示，該部陳報行政院審查之所得稅法修正草案中有關噸位稅規定，係依據行政院賦稅改革委員會「實施噸位稅之研究」研究結論擬訂，且該草案於98年6月26日陳報行政院，有關噸位稅之內容並未變動，尚無報導所稱政策臨時轉變之情事。
另外，有關推定利潤之訂定，亦係依據行政院賦稅改革委員會之研究報告內容，參考與我國鄰近、經營環境較為類似且為我國競爭國－日本及韓國之推定利潤為標準，按該2國公司所得稅稅率（韓國25%、日本30%）與我國營利事業所得稅稅率（99年度起為20%）換算推定，在政府財政可接受範圍內，參考日本之推定利潤並依我國與日本之稅率比例換算，訂定我國噸位稅制度之推定利潤。
該研究報告同時針對噸位稅制度不適用其他法律租稅優惠進行研析，並提出以下建議：
(一)考量噸位稅制度申報課稅之全部所得已非依帳載收入、成本、費用計算之實際損益；而相關研究發展、人才培訓等租稅減免係以依帳載收入、成本、費用計算之實際損益作為減免之基礎，二者計算基礎已不相同，不宜併同適用。
(二)營運總部係以鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局為目的，對於取自國外關係企業之投資收益及處分利益、權利金所得、管理服務或研究開發之所得提供免徵營利事業所得稅優惠；噸位稅則以鼓勵我國航商之自有船舶回籍，強化我國海運業競爭力為目的。噸位稅實施後倘對航商併同提供營運總部之租稅優惠，形同鼓勵航商繼續投資其國外關係企業，使航商國外關係企業經營海運業務匯回之投資收益，相較於國內經營海運業務收入適用噸位稅更為有利，將發生噸位稅與營運總部政策目標相互衝突情形，致無法有效達成國輪回籍之政策目標，不宜併同適用。
另航商適用噸位稅之淨噸位比例門檻，係屬實施噸位稅之配套措施，為達推動國輪回籍之目的，將於所得稅法修正案通過後，由該部會商交通部配合海運政策訂定。
財政部表示，政府財政資源有限，各部會擬訂政策推動時，均建議將資源有效配置，以避免因重複或目標衝突而造成資源配置無效率。現階段擬具之噸位稅制度，係經賦稅改革委員會審慎討論，並由該部與交通部溝通協調所訂定，以期兼顧財政平衡、稅制公平合理及海運政策目標。
