財政部表示：行政院賦稅改革委員會於98年10月19日召開委員及諮詢委員聯席會議第18次會議，由召集人朱副院長立倫主持。會中就「經濟特區課稅問題之研究」及「綠色稅制之研究」等2項議題提出期末報告，並進行討論。由於「綠色稅制之研究」議題對於我國未來能源及經濟政策方向有重大影響，各界甚為關注，各與會委員及諮詢委員對此一議題討論極為熱烈，並提供諸多寶貴意見。
聯席會議後並接續召開委員會議第8次會議，經委員會議充分討論後，獲致重要結論如下：
一、「經濟特區課稅問題之研究」議題：
（一）關稅與關務：
1.有關「整合各特區適用保稅貨物樣態之定義範圍」之建議，目前各特區各具功能及特性，且大部分皆已整合，僅餘保稅工廠少數項目，因其特性爰尚無整合之需要。
2.有關統一「簡單加工」與「簡易加工」定義範圍之建議，由於其分別屬進口貨物原產地之認定原則及營利事業所得稅免稅範圍之認定，其目的、功能、作用不同，可相互作為參考，但無須統一定義。
3.針對保稅倉庫、保稅工廠、物流中心、加工出口區、科學園區、農業科學園區以及自由貿易港區等七大經濟特區訂定一致性之附加價值計算或原料補稅方式。
4.中長期將再檢討報單系統之簡化及整合、全面採用電子系統保稅帳冊管理。
（二）營業稅：
明訂相關配套措施協助外國企業辦理營業登記。
二、「綠色稅制之研究」議題：
（一）推動綠色稅制為國際潮流趨勢，為期經濟、環境永續發展，各界皆相當肯定且一致支持我國應推動此一稅制。
（二）與會委員、諮詢委員及各界對實施能源稅已有共識，將積極推動能源稅立法。
（三）對於環境稅，屬由行政院環保署或地方政府代徵部分，研究團隊之建議尚須進一步協調，可列為後續更深入研究；至課徵二氧化碳環境稅部分，與會委員及諮詢委員已具共識，將與能源稅一起推動，實施碳稅，其課徵之時機及稅額之擬訂，將視國際能源價格及與亞洲鄰近國家競爭力比較而定，以確保我國競爭力，本次會議不訂定稅額，但不同能源因單位熱值及含碳量不同，未來將課徵不同稅額。
（四）綠色稅制之研究並未完全結束，未來將針對與會代表所提意見，進行後續研究。
（五）節能減碳目標可利用租稅政策工具及非稅政策工具達成，節能減碳責任不應完全交由開徵能源稅之租稅工具承擔，非稅政策工具之運用仍應重視，以共同達成二氧化碳之減量目標。
（六）綠色稅制實施後稅收用途將優先用於大眾運輸及低收入戶能源津貼、取消印花稅、娛樂稅及電器類等4項貨物之貨物稅及進行所得稅制改革，並用於環境能源面之研究發展支出，落實 馬總統政策白皮書及98年全國能源會議共識結論。
財政部強調，上述2項議題特別感謝王教授健全及蕭教授代基領導之研究團隊貢獻智慧，提出周延深入之研究報告，也感謝與會委員及諮詢委員鼎力支持及協助，該部將針對研究議題之結論積極推動，並儘速研擬相關稅法之修正案完成相關立法程序，以達成環境永續、經濟發展及稅制簡化等目標。
