為順應國際趨勢，提供海運業者一個良好經營環境，並健全稅制、維護租稅公平，財政部參據行政院賦稅改革委員會「實施噸位稅之研究」、「所得稅反避稅制度之研究」等研究議題結論，研擬所得稅法部分條文修正草案，行政院業於今日（98年11月19日）第3171次院會決議通過。財政部表示，將積極與立法院朝野各黨團溝通，儘速完成修法。
財政部說明，本次所得稅法部分條文修正草案之修正重點如下：
1、自99年度起營利事業經營海運業務部分之收入得選擇以船舶淨噸位推計所得課稅。為避免操縱損益規避稅負，營利事業一經選定，應連續適用10年，且不得再適用盈虧互抵及其他租稅減免之優惠。
2、自99年度起實施反自有資本稀釋制度，營利事業對關係人之負債占業主權益超過一定比率者，其超過部分之利息支出，不得列為費用或損失。另考量銀行、保險公司、證券商等主管機關已訂定資本適足性相關管理規範，故排除該等金融業之適用。
3、配合司法院釋字第657號解釋、商業會計法之修正，增訂營利事業帳載應付未付之各款項及債務，逾請求權時效尚未給付之課稅規定及修正商品存貨之估價等規定，以核實反映營利事業之盈餘，合理課稅。
4、簡化綜合所得稅結算申報案件之送達方式。
財政部進一步說明，實施噸位稅制度及建立反自有資本稀釋制度預期可達成下列效益：
1、實施噸位稅為國家推動國輪回籍之海運政策配套措施，有利於提升我國海運事業之國際競爭力，且併同完善配套實施，可有效鼓勵國輪回籍，進而誘發船員就業、股東盈餘及關聯產業收益等經濟效益。
2、建立反自有資本稀釋制度，可防杜企業利用不當安排規避稅負，維護租稅公平。
此次所得稅制改革以經濟發展及健全稅制為目標，期能為我國經濟永續發展及國際競爭力提升注入新動能，進而以改革績效作為厚植經濟之強力後盾，達到「以財政支援建設、以建設培養財政」之良性循環目標。
