公司符合促進產業升級條例第9條之2免徵營利事業所得稅之規定，依製造業及其相關技術服務業五年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第6點規定，公司如不符合前揭免稅所得計算要點第4及5點獨立計算免稅所得之規定，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時，就「全部機器設備技術比公式」或「增加銷貨量公式」，擇一計算免稅所得，未選擇適用公式者，稽徵機關依職權以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。
財政部臺灣省南區國稅局查核甲公司93年度營利事業所得稅結算申報案件，該公司以獨立計算並列報其免稅所得，該局初查時，認定其不符合免稅所得計算要點第4及5點獨立計算免稅所得之規定，乃發函請公司依公式計算免稅所得，就「全部機器設備技術比」或「增加銷貨量」公式擇一計算，並說明若逾期未提示，即依「全部機器設備技術比」公式計算核定免稅所得，經合法送達，惟公司逾期未提示，該局乃依免稅所得計算要點規定，以「全部機器設備技術比」公式計算免稅所得。公司不服，要求重新選擇以「增加銷貨量」公式計算免稅所得。經高雄高等行政法院判決：「原告之訴駁回」。
高雄高等行政法院判決略以：納稅義務人在無法獨立計算又欲享受租稅優惠之情形下，免稅所得計算要點非僅硬性規定一種計算公式，而已提供「全部機器設備比」及「增加銷貨量」2種公式讓納稅義務人選擇適用，使其參與稅負稽徵程序，則納稅義務人既有數個選項可以選擇，即應儘早行使此項租稅優惠選擇權，以確定租稅法律關係。如納稅義務人於營利事業所得稅結算申報時，怠於行使選擇計算公式，形同放棄選擇權，稽徵機關為確定租稅法律關係，經依免稅所得計算要點第6點第2項規定按全部機器設備比公式核定免稅所得額後，納稅義務人即不得變更以增加銷貨量公式計算免稅所得而指摘稽徵機關之核課違法。
國稅局表示，納稅義務人在無法獨立計算又欲享受租稅優惠之情形下，應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時，審慎選擇免稅所得之計算公式，以保障自身之權益。
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