財政部臺灣省南區國稅局表示：轄區有一位陳姓納稅義務人，與其配偶分開辦理95年度綜合所得稅結算申報，均於申報書註明分居，該局乃依財政部76年3月4日台財稅第7519463號函釋規定，將2人所得歸戶合併後，以全部應納稅額按陳君所得總額占夫妻所得總額比率計算其應納稅額，減除可扣抵稅額及自繳稅款後，發稅單補徵其綜合所得稅。陳君不服主張前揭函釋規定，係依夫妻雙方之所得總額為分攤依據，惟未考量各人之納稅能力，違反所得稅法第13條「個人之綜合所得稅，就個人綜合所得總額，減除免稅額及扣除額後之綜合所得淨額計徵之。」為由，資為爭議。案經復查駁回，陳君仍不服，提起訴願，亦遭駁回。
訴願決定略以，我國現行綜合所得稅之結算申報係採申報戶原則，本人、配偶、受其扶養之親屬等各類所得應予合併報繳，而有關免稅額、扣除額等之減除，亦應以申報戶一併計算為限，所得稅法第15條定有明文，乃稅法所具有公法性質之強行規定，且夫妻分居僅係事實上未為同居，法律上仍有婚姻關係存在，尚不得免除夫妻應合併報繳綜合所得稅之義務，復考量夫妻分居及稽徵實務等特殊情形，財政部前揭函釋，准就歸戶合併後全部應納稅額按個人所得總額佔夫妻所得總額比率計算，並減除其已扣繳及自繳稅款後，分別開單補徵，乃財政部本於中央財稅主管機關職權，就所得稅法第15條第1項規定意旨所為核釋，是該局依此函釋意旨，核定補徵陳君綜合所得稅額，並無不合，乃予駁回。
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