自兩稅合一稅制實施以來，常有營利事業未正確計算盈餘分配日之稅額扣抵比率，造成實際分配予股東之可扣抵稅額超過應分配數額，此時，如稽徵機關尚未進行調查，營利事業可向稽徵機關申請更正股東可扣抵稅額帳戶變動明細表，並同時補繳超額分配之可扣抵稅額，以免被補稅送罰。
南區國稅局表示，營利事業如自行發現有超額分配時，應在稽徵機關進行調查前自行更正股東可扣抵稅額帳戶餘額，並重新計算正確之稅額扣抵比率及應分配予股東之可扣抵稅額，同時向稽徵機關申請更正已申報之股利憑單及全年股利分配彙總資料申報書，並將更正後正確的股利憑單填發納稅義務人，倘若公司股東人數眾多，上述更正申報之程序繁複，可依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動補繳超額分配稅額，只要補稅加計利息，免予處罰。
該局查核某公司96年度營利事業所得稅結算申報時發現，該公司因96年度收到以前年度之核定退稅款300餘萬元漏未計入股東可扣抵稅額帳戶之減除項目，致虛增盈餘分配日之股東可扣抵稅額帳戶餘額，導致超額分配股東可扣抵稅額近百萬元，事後雖經公司會計人員發現並在稽徵機關進行調查前辦理更正申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細表，但因未同時補繳超額分配之稅款，不符合稅捐稽徵法第48條之1規定，仍需補稅送罰。
該局特別提醒營利事業，股東可扣抵稅額帳戶餘額攸關可扣抵稅額比率計算之正確性，營利事業應注意其計入、減除之時點及繳納之稅款可否計入，以免發生超額分配金額重大而遭補稅送罰。
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