為促進經濟發展及維護租稅公平，財政部參據行政院賦稅改革委員會「實施噸位稅之研究」、「所得稅反避稅制度之研究」等研究議題結論，同時配合司法院釋字第657號解釋、商業會計法修正及稽徵實務需要，擬具「所得稅法」部分條文修正草案，業經立法院財政委員會98年12月21日第21次全體委員會議審查完竣，其修正重點如下：
一、 實施噸位稅
為順應國際趨勢並促使國輪回籍，以提升我國海運國際競爭力，自99年度起營利事業經營海運業務部分之收入，得選擇以船舶淨噸位推計所得課稅。另為避免操縱損益規避稅負，營利事業一經選定適用噸位稅者，應連續適用10年，且不得再適用盈虧互抵及其他租稅減免之優惠，以避免與實施噸位稅之目標衝突，反而無法達成國輪回籍效果。
二、 建立反自有資本稀釋課稅制度
為避免營利事業將股權投資轉換為關係人債權融通以列報利息費用規避租稅，參考國際間主要國家作法，增訂自99年度起營利事業對關係人之負債占業主權益超過一定比率者，其超過部分之利息支出，不得列為費用或損失。該比率將考量行業特性，由財政部會同各業目的事業主管機關定之。
三、 簡化部分綜合所得稅核定稅額通知書送達方式
現行綜合所得稅每年結算申報案件超過500萬件，逐案個別送達核定稅額通知書，除造成稽徵機關人力及經費極大負擔外，對於稅收稽徵並無實質效益，爰經參酌國外作法，增訂綜合所得稅結算申報案件經查核結果符合一定情形者，稽徵機關得以公告方式通知納稅義務人，免個別寄發核定稅額通知書。上開以公告方式核定之案件，納稅義務人如有疑義，仍可向稽徵機關申請查對，並不影響其個人權益。
四、 配合司法院釋字第657號解釋、商業會計法之修正，增修營利事業帳載應付未付款項，逾請求權時效未給付者，應轉列其他收入，及商品存貨估價得採成本與淨變現價值孰低法等規定。
財政部表示，本案如完成立法，除使稅制符合國際趨勢及落實「增效率」、「廣稅基」及「簡稅政」之賦稅改革目標外，並可達成下列效益：
一、 實施噸位稅並配合完善配套，應可增加國輪回籍誘因，有助振興海運業及關聯性產業。
二、 建立反自有資本稀釋課稅制度，俾與國際接軌，有助於提升租稅公平及防杜租稅規避。
三、 簡化部分綜合所得稅核定稅額通知書採公告方式送達，可減輕國庫經費負擔，並兼顧納稅義務人權利之保護及稽徵作業簡便，使徵納均較簡便。
四、 使稅法規定與財務會計處理趨於一致，可簡化營利事業所得稅申報，並核實反映營利事業之盈餘，合理課稅。
