財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內納稅義務人甲君96年度綜合所得稅結算申報，列報某牙科診所之醫藥費用扣除額240,000元，該局初查以該牙科診所非屬所得稅法第17條第1項第2款第2目之3規定之醫療院所，乃予剔除。
甲君不服，復查主張其就醫時該診所曾告知所開立之收據，可以申報綜合所得稅列舉扣除額之用，請再查明是否均無法列舉扣除云云，申經該局復查決定以，該牙科診所已於94年1月21日解除健保特約，且該診所表示未曾提出申請亦非經財政部認定會計紀錄完備正確之診所，依前揭所得稅法規定，原核定並無不合，駁回其復查之申請。
甲君仍不服，提起訴願，訴稱該牙科診所合法開業15年，主治醫師有醫師執照及執業登記證，並依規定繳稅，其所開立之收據卻不被承認，顯有矛盾之處，又大陸地區醫療支出，只需海基會等認證機構認可之證明文件，即可無上限列舉扣除，為何自己國家認可之醫療院所支出之醫藥費不可扣除云云，案經財政部訴願決定略以，該牙科診所業經原處分機關依職權調查結果，並非屬依法立案之公立單位，或與全民健康保險具有特約關係者，亦非經財政部認定會計紀錄完備正確之診所，另依財政部95年10月5日台財稅字第09504550630號令釋規定，大陸地區醫療支出，亦需符合前揭所得稅法規定及認證後始得扣除，仍有嚴格之審查要件，與所得稅法第17條第1項第2款第2目之3之精神，並無二致，乃駁回甲君之訴願。
該局進一步說明，納稅義務人如欲列報醫藥費用為綜合所得稅之列舉扣除額，應注意其所就診之醫療院所，須當年度確實符合所得稅法上規定之醫療機構，始得檢附收據申報列舉扣除，否則將遭剔除補稅。
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