該局表示，總統於99年1月6日公布稅捐稽徵法增訂第1章之1章名、第11條之3至第11條之7及第25條之1條文；並修正第44條條文，該局說明其中與地方稅捐稽徵有關重點如下：
一、 納稅義務人權利之保護
增訂第1章之1「納稅義務人權利之保護」，其意旨為貫徹租稅法律主義、具政策目的之租稅優惠應明定實施年限並符合比例原則、落實稅捐調查正當程序、故意以不正當方法取得之自白不具證據力及暢通徵納雙方溝通管道等。
二、 增訂一定金額以下之稅捐免徵、免退及免移送執行之授權條文
為節省稽徵成本、減輕退補稅作業負荷及提高欠稅案件執行效益，明定財政部得視實際需要，報請行政院核定一定金額以下之稅捐免徵、免退或免予移送強制執行。
修正條文及內容如下：
第一章之一 納稅義務人權利之保護
第十一條之三 財政部依本法或稅法所發布之法規命令及行政規則，不得增加或減免納稅義務人法定之納稅義務。
第十一條之四 稅法或其他法律為特定政策所規定之租稅優惠，應明定實施年限並以達成合理之政策目的為限，不得過度。
前項租稅優惠之擬訂，應經稅式支出評估。
第十一條之五 稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員，於進行調查前，除通知調查將影響稽徵或調查目的者外，應以書面通知被調查者調查或備詢之事由及範圍。被調查者如委任代理人，該代理人應於接受調查或備詢時，出具委任書。
被調查者或其代理人經稅捐稽徵機關或財政部賦稅署之許可，得偕同輔佐人到場接受調查或備詢。
第十一條之六 稅捐稽徵機關故意以不正當方法取得之自白且與事實不相符者，不得作為課稅或處罰之證據。
第十一條之七 稅捐稽徵機關應設置適當場所，聆聽陳情或解答納稅義務人問題。
第二十五條之一 依本法或稅法規定應補、應退或應移送強制執行之稅捐在一定金額以下者，財政部得視實際需要，報請行政院核定免徵、免退或免予移送強制執行。
