財政部高雄市國稅局表示：夫妻分居，已於綜合所得稅結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明已分居字樣，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報，其歸戶合併後之全部應納稅額，如經申請分別開單者，可依公式計算夫妻各自應分攤之應納稅額，而該公式，自98年9月14日起已有新的規定。
原規定之稅額分攤方式乃是按個人所得總額占夫妻所得總額的比例計算，而當夫妻雙方的所得相差懸殊時，此種方式會造成較低所得的一方必須承擔所得較高一方因累進稅率核算稅負的不公平現象，而新規定乃是按夫妻各自採單身身分申報之應納稅額比例計算分攤，為利民眾瞭解其間差異，該局特舉例說明：
假設有一夫妻分居，98年度綜合所得稅各自分別申報，且未重複列報扶養親屬，其中夫有薪資所得1,500,000元，申報扶養未成年子女2人，採標準扣除額；妻有薪資所得450,000元，未申報扶養親屬，採標準扣除額（其計算及比較如附表1、2）。
該局特別呼籲，夫妻除結婚第一年可選擇合併或分開申報外，均應合併申報綜合所得稅，如果因為分居無法清楚掌握配偶申報資料時，也必須各自在結算申報書內載明另一方姓名、身分證統一編號，並註明已分居字樣。若經申請分別開單者，稽徵機關將依據申請，計算雙方各自應負擔之稅額，並分別寄發稅單。【＃057】
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